一是洁净实验室系统。分子生物实验室设计没有明确的洁净标准，对于是否需要做洁净系统并不强求，应当从维护成本和使用方便两个角度来考量该实验室是否需要洁净系统。
二是空调系统。各工作区域应尽可能使用独立的空调系统，如若需要节约成本，则最起码使用两套空调系统，将扩增区和扩增产物分析区与其他区域的空调系统分开。
三是压差问题。分子生物学实验室设计中压差可有可无，如果要设置压差的话，应设为15帕左右，需要注意的是，绝对不可以设反。如果进行医学实验以及对人体或环境有危害的实验，推荐使用负压，产物检测区也应当使用负压。
四是DNA与RNA实验。DNA与 RNA实验的样品制备之间应当分开，物品与用品也应分开，因此在分别需要做DNA与RNA实验时需要多设置几个试验区和准备区。
五是缓冲间。在实验室设计中多设一个缓冲间，相当于多了一个隔断，有利于防止交叉污染，但也应考虑做实验时是否方便，缓冲间过多会影响实验操作的便捷性。
六是产物检测区。产物检测区应为负压，使用新源机将空气抽到大气中，也可以将产物检测区放在室外，远离分子生物实验室设计的其他区域，而且放得越远越好。
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