食品微生物实验室设计时，平面布局要充分考虑仪器设备空间，具体的仪器设备要根据实验室的要求来选用，设计前跟使用方沟通，所用仪器型号规格：
1.培养箱：主要用于实验室微生物的培养，为微生物的生长提供一个适宜的环境。
2.电热干燥箱：用于吸管，平皿类玻璃器皿的干热、灭菌和烘烤。
3.高压蒸汽灭菌器（又叫高压灭菌锅）：物品的灭菌。
4.电子天平：食品微生物实验室设计一般要求具备精度达到万分之一的分析天平。
5.显微镜：观察细菌形态和动力、微生物和微小物品结构的必备仪器。
6.均质器：用于均质样品，有旋转刀片式和拍击式可以选择。
7.超净工作台：超净工作台作为代替无菌室的一种设备，使用简单方便，为实验的开展提供一个相对无菌的操作台。超净工作台根据风向分为水平式和垂直式。
8.食品微生物实验室设计其它可能用到的设备：高压锅、厌氧培养设备、离心机、振荡器、烤箱、恒温水浴箱、菌落计数器、电位 pH计、高速离心机等设备。
9.食品微生物实验室设计人员要多接触使用部门，了解各类实验设备性能，工作原理，规格尺寸，进口出口方向。
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