合理设计生物实验室，使实验室气流流向合理，不留死角或使死角面积恨小。生物实验室净化设计气流必须从清洁区流向污染区，室内送风口和排风口的位置应使气流停滞的空间降到最小，室内排风口应设置在最危险区域，单侧布置，不得有障碍。送风口不能对着生物柜吹，送风气流和生物柜工作窗口的保护气流互相干扰，将会使致病因子泄露。
生物实验室要密闭性能可靠，包括实验室围护结构的密封性和空调通风管道的密封性。围护结构的密封性差主要是在门窗部位，建议窗户采用自然光照，设计建设成不能开启的，这样可以达到很好的密封，也能节省以后的运行费用，自然光照有利于实验室人员准确观察颜色。再就是隔墙的连接处密封性，空调通风管道的制作要规范符合要求，密封材料要合格。这些都是生物实验室净化设计的基本原则。
高效过滤器的更换和检漏，特别是排风高效过滤器。排风高效过滤器更换前必须首先消毒灭菌，设计和安装时必须考虑消毒问题，同时便于更换。为了确保环境安全，排风高效过滤器也应考虑检漏的可能性，或采取其他确保不泄露的措施。
由于生物实验室必须采用直流风，而普通空调的换热器是按室内循环风设计，达不到直流风要求的压差，再加上为了降低造价，设备容量没有富裕，根本达不到要求的室内温度。在高级别生物实验室做实验需要穿特制的防护服，有时需要穿多层，如果温度达不到要求，实验人员的感受会可想而知。
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